16 Ocak 2019 Çarşamba

Tüm Genom Analiz Laboratuvarı

575 defa okundu

Tüm Genom Analiz Laboratuvarı

İnsan Genom Projesiyle insan genomu tahmin edilenden daha az gene sahip olduğu anlaşılmıştır. Bu sonuç, Bilim insanlarını, insan genomundaki protein kodlamayan bölgelerdeki dizilerle protein kodlayan dizilerdeki somatik varyasyonların ve de bunların genom üzerine etkilerinin araştırılmasına yönlendirmiştir. Klasik dizileme yöntemleriyle bunları yapmak hem çok maliyetli hem de çok zaman alıcıdır. Bu sebeple pyrosequencing temelli derinlemesine dizileme yöntemi geliştirilmiştir. Yeni nesil dizileme klasik dizilemeden farklı olup bir bölgenin eşzamanlı birden fazla derinlemesine dizilemesidir. Bu sayede klasik dizileme yöntemlerinde belirleyemediğimiz düşük yüzdeli farklı dizileri belirlemek mümkündür. Bu yöntem sayesinde bir canlının genomu tamamıyla kısa sürede ve daha ucuza dizilenebilmektedir. Bu yöntemle metagenomik, trankriptom, farklı organizmaların genomu gibi hayli karmaşık çalışmaların yanı sıra ekzom dizileme, mitokondriyal DNA’nın dizilenmesi gibi çalışmaların yapılması mümkündür. Ayrıca yeni nesil dizileme ile genetik/epigenetik düzenleyici ağların, kromatin yapısı, nükleer yapılanma ve genom varyasyonları hakkında bilgi edinmek mümkün olmuştur.

Laboratuvarımızda Illumina Miseq cihazı ile yeni nesil dizileme çalışmaları sürdürülmektedir. Bu cihazla mikrobiyal metagenomiks, transkriptom, mitokondriyal DNA vb. dizilenmesi ve shot gun, amplikon gibiteknikler ile birçok proje çalışılabilir.

 Günümüzde en doğru ve yaygın olarak kullanılan nicel sonuç veren PCR metodu gerçek zamanlı PCR’dır. Son ürün analizine dayanan Klasik PCR aksinebu sistemler reaksiyonun gerçekleştiği zamanla eşzamanda reaksiyonu görüntüler. Bu gibi sistemlerdeki PCR reaksiyonunda, ardı ardına gerçekleşen döngülerdeüretilen PCR ürününün miktarı, floresan sinyalinin yayılması ile orantılıdır. Her bir reaksiyon döngüsünde ortaya çıkan PCR ürününün miktarı ile orantılıolarak bu sinyal artar. Her bir döngüde floresan sinyal miktarı kayıt edilir ve logaritmik faz boyunca PCR reaksiyonu görüntülenir.

Yenilikçi Teknolojiler Merkezi Biyomühendislik Bölümü kapsamında çalışmalar yapan Tam Genom Analiz Laboratuvarı akademik, kamu ve endüstriyel kurumların araştırma geliştirme çalışmalarına doğru, hızlı ve güvenilir sonuçlar üretmek amacındadır.

GEN’de farklı dokulardan deoksiribonükleik asit (DNA) ve ribonükleik asit (RNA) izolasyonlarıBioneer Exiprep 16 Plus cihazı ile tam otomatik olarak ve manuel kitlerle yapılabilmektedir.İzole edilen DNA ve RNA örneklerinden Genetik Yapısı Değiştirilmiş Organizma (GDO) Analizleri, Mikrobiyolojik Analizler, Gen İfade Analizleri (Gene Expression), Gen Dizi Analizleri, Tek NükleotitPolimorfizm Analizi, Mikrosatellit AnaliziveArray CGH’nin yapılabilmesi için gerekli altyapı mevcuttur. Klasik Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PolymeraseChainReaction, PCR), Nested, Touchdown ve Multiplex olarakBiorad T100 ve C1000 termal cycler cihazları ile yapılırken gerçek zamanlı PCR analizleri Biorad CFX-96 Gerçek Zamanlı PCR ile gerçekleştirilmektedir.İleri teknolojik altyapı olarak laboratuvarımızda Affymetrix GeneChip DNA Mikroarray, Illumina Miseq Next-Gene Sequencer ile hizmet verilmektedir. Ayrıca laboratuvarımız altyapısında UV-Vis Düşük Hacimli Spektrofotometre,BioradJelDoc XR+ ve ChemiDoc MPJel GörüntülemeSistemleri, BioradYatay ve DikeyAgaroz Jel Elektroforezvebiyoinformatik araçları mevcuttur.

ANALİZLER

DNA izolasyonu kan 

DNA izolasyonu doku  

DNA izolasyonu bitki

DNA izolasyonu FFPE

DNA izolasyonu mikrobiyolojik örnek

DNA izolasyonu diğer

RNA izolasyonu kan

RNA izolasyonu doku, FFPE

RNA izolasyonu bitki

RNA izolasyonu mikrobiyolojik örnek

miRNA izolasyonu

cDNA sentezi

PCR

PCR multipleks

PCR nested

PCR touchdown

PCR saflaştırma

PCR mikrowellhibridizasyon

PCR metod geliştirme

Real-Time PCR

Real-Time PCR multipleks

Real-Time PCR metod geliştirme

Mikroarray

Array CGH

DNA dizi analizi (Her bir amplikon için)

Yeni nesil dizilim

Gen aktarımı

Yatay elektroforez

Dikey elektroforez

Jel elektroforez ve görüntüleme

Sekanslama

Klinik exomsekanslama

miRNAsekanslama

RFLP

Genotiplendirme

Mikroplate okuma

Vakumlu santrifüj

CİHAZLAR

Affymetrix GeneChip Microarray Sistemi

(GeneChip Microarray Sistemi, GeneChip Tarayıcı 3000 7G, Yıkama İstasyonu 450, Hibridizasyon Fırını 645 ve Affymetrix GeneChip Command Console (AGCC) yazılımı içeren güçlü bir bilgisayar sisteminden oluşur.)

Illumina/ MiSeq Yeni Nesil Dizileme (Sekans) Sistemi

 

(Miseq sınıfının ilk ve tek tam otomatik sekanslama sistemidir. Miseq sistemi ile sekans kütüphanesi hazırlama sistemi  ve tam otomatik veri analizi tek bir platform üzerine entegre edilmiştir. Kişisel sekans cihazı olarak sınıfında paired-endsekanslama yapan tek sistem olmakla birlikte, EpicentreNextera örnek hazırlama kitleri yardımı ile tüm sekans süresini 8 saatte tamamlar.)

Tam Otomatik DNA/RNA Ekstraksiyon (İzolasyon) Sistemi

BIONEER Exiprep16 Plus

(Cihaz Genomik DNA’dan (Kan, Doku, Hücre, Bakteri, Bitki, Tohum vb), RNA, Viral DNA/RNA, Plasmid DNA ve Fragment DNA’dan ekstraksiyon yapar. Örnek solüsyon halde değil ise, ön işlem yapılır, (Ör: Kemik, Kas dokusu, yaprak, tohum vb). Bu ön işlem için manuel yöntemler veya  otomatik homojenizatörü kullanılır.

Kullanıma hazır kartuşlara solüsyon haldeki örneği yükleyip, insan eli değmeden (robotik olarak) tüm işlerin yapılarak saf DNA veya RNA elde edilmektedir).

Gerçek Zamanlı Polimeraz Sistemi

Biorad,  Real-Time PCR Systems (CFX96)

(Gen ekspresyonu, genotiplendirme, multipleks PCR gibi birçok uygulama yapılabilen RT-PCR sistemleri her marka üreticinin reaktiflerine uygundur. Hızlı sistem kontrolü, 10 µl kadar küçük örnek hacmi ile 5 hedef çoğaltma, Termal gradient, Hızlı veri analizi ve geliştirilmiş veri analiz araçları- CFX Manager™ Software kullanılarak normalize edilmiş gen ekspresyonu özelliklerine sahiptir.

Bio-Rad, PCR Sistemleri

C1000 Touch™ ThermalCyclerwith 96-Well FastReactionModule ve T100™ ThermalCycler

 

(Bio-Rad termal cyclers'ın ortak özellikleri, hassas sıcaklık kontrolü için Peltier efekt teknolojisi ve PCR analizlerini tek bir seferde kolayca optimize etmek için termal gradyen içerir. Cihazlar, rutin PCR için mükemmel bir seçim olan T100 ™ ve artırılmış üretim kapasiteleri için çoklu blok formatları sunan esnek 1000 serisi 96 kuyu birimi içerir).

Experion™ System

Biorad, 100–240 V, RNA ve DNA analizi, kapalı otomatik elektroforez sistemi, aynı zamanda protein analizi

 

(Büyüklük, yük ve konformasyon bakımından birbirlerinden farklılık gösteren yüklü makromolekülleri (nükleik asitler) iyonik bir ortamda birbirinden ayırt etmektedir).

Görüntüleme Sistemleri 

(Bio-Rad, Gel Doc XR+ System)

 

(Boya içermeyen, kolorimetrik, kemilüminesan, flüoresan ve radyoizotopik sinyalleri saptama, görüntüleme ve ölçme için elektroforez sistemlerinde çalışan jellerin görüntülenmesini sağlar. Yazılım, veri analizi ve doğrulama ile görüntü elde etme otomasyonu sağlar).

 

Biyolistik Gen Aktarım Cihazı

(Helios gen tabancası sistemi, biyolistik transformasyon sistemi, helyum basıncı regülatörü, solenoid ara çubuklar, mikro taşıyıcı fırlatma düzeneği, hedef raf, 5 makro taşıyıcı tutucu ve boru donanımı içerir. Bölünmeyen hücreler ve bitkiler dahil birçok hücre türü transfekte edilebilir).

Mikro Ölçüm Spektrofotometre

 (mySPEC, VWR)

 

(mySPEC, nükleik asitler ve proteinlerin mikro hacim konsantrasyonu ve saflık ölçümlerini yapmasına izin verir. Geniş dinamik aralık (2 ng/μl ila 15 μg/μl (dsDNA)), hata eğilimli dilüsyonları ve hesaplamaları ortadan kaldırır. Kullanıcı tanımlı saflık ayarı sonrasında otomatik veri analizi sağlar. mySPECTwin'in bir küvet için bir portu vardır, böylece hücre yoğunluğu veya enzimatik ölçümler gerçekleştirilebilir).

Derin dondurucu (-80)

THERMO FISCHER SCIENTIFIC, 88400V.